登城口とルート
大手口（黒門跡ルート）徒歩：約20〜30分（成人平均）
現在の主な登城口。市街地の北西、臥牛山麓に位置。
黒門跡 → 三ノ丸 → 二ノ丸 → 本丸へ至る。
現存石垣・石段が多く、近世城郭の導線を体感可能。
黒門跡周辺は平成26年度以降に発掘調査・石垣修理が進められた区画。
搦手口（田口曲輪ルート）徒歩：約25〜35分。
東側から登る古道筋。田口地区に所在。
曲輪・虎口・竪堀遺構が良好に残るが、登山道整備は限定的で、一般登城口としては未整備。研究者の踏査や玄人の対象。
その他の小口（搦手的登り道）
西南の二之町・三之町側から山腹に至る細道が複数存在。
近世後期には薪炭搬出路や植林管理道としても利用。
登城時の注意点
臥牛山は比高約100mの急峻な山地。石垣・切岸・竪堀が多く、滑落・転倒リスクがある。
登城道は未舗装の土道が大半で、雨天後は滑りやすい。
服装・装備
運動靴必須。サンダル不可。
夏季は日差しと虫対策（帽子・虫よけ）。冬季は凍結、注意。また、近年熊の出没が相次いでいるため、心配な場合は村上市公式サイト等から事前確認をおすすめします。
安全管理
倒木・崩石の危険区域があるため、柵・ロープ等の規制が設けられている場所には立ち入らないこと。
自然災害時（豪雨・地震）には崩落リスクが高まるため、市が登城を規制する場合あり。
文化財保護
石垣・土塁・遺構の上に登る、石を持ち帰る行為は禁止（文化財保護法に基づく現状変更）。
指定範囲外の未指定地でも「周知の埋蔵文化財包蔵地」として届け出規制がある。