文化財指定の経緯（法的地位）
新潟県指定史跡（県指定）
昭和32年2月29日、新潟県教育委員会告示第11号により「村上城跡」を**新潟県文化財（史跡）**に指定。所管者は当時「財団法人村上城跡保存育英会」。
国指定史跡（史跡）
平成5年（1993）6月8日付で、文化財保護法に基づき国の史跡に指定。
指定範囲と未指定地
1993年の初回指定では、山麓の一部（例：田口曲輪・二之町地区の一部など）で同意未了により指定から外れた区画が残存。村上市は将来の追加指定と公有化（用地取得）を目標として再交渉の必要性を明記しています。
保存・整備の歩み（概況年表）
1957（昭和32）：県指定史跡（前掲）。
1993（平成5）：国史跡に指定。
1999（平成10年）：史跡村上城跡整備基本計画を策定。以降、石垣修復を中心とする整備事業を推進。
1999（平成11）：山上石垣の修復と発掘調査を開始。
2003–2015（平成15〜27）：本丸出櫓台跡の石垣解体・積み直しを実施。
2014（平成26）：黒門跡石垣周辺の整備に先行して発掘調査を継続。
2020（令和2）：**保存活用計画（案）**公表（計画期間おおむね15年）。活用・多言語解説・体制整備の強化を柱に位置づけ。
2021（令和3）：保存活用計画本文に基づき、石垣カルテの更新、モニタリング強化、植生管理・防災計画の策定等を推進。
現在の保存管理の技術的枠組み
石垣のモニタリングと修理
日常巡回・目視・クラックゲージのほか、年3回の3Dレーザー測量で石垣の移動量を把握。必要箇所は最小限の積み直し、当面困難な箇所ははばき石・ふとんかご・ネット等で当面の安定化を図る。石垣カルテの更新と未実施区の追加調査を継続。
植生・景観管理
石垣間の実生木・つる草の定期除去、樹木の計画的伐採、登城道の洗掘対策（短期：端材・砂入れ／中長期：流路操作・自然土舗装検討）等を明示。
防災・安全
自然災害に備えた防災計画策定と危機管理体制整備、非常時の応急措置は許可不要（現状変更許可の特例）とする運用を規定。
追加指定・公有化の方針
対象と課題：初回指定から約30年を経て、田口地区・二之町地区・三之町地区のうち未指定の民有地に、曲輪地形や石垣列等の遺構が確認されている。今後の追加指定候補地として位置づけ、所有者への周知・協力を得ながら公有化を視野に検討を進める方針。